흉선암이나 흉선종은 같은 방법으로 병기를 결정한다. 1기는 종양이 흉선에만 있고 흉선을 감싸고 있는 낭에는 침입하지 않은 경우, 2기는 종양이 흉선 밖으로 퍼져서 흉선을 감싸고 있는 낭이나, 흉선을 감싸고 있는 지방질이나, 혹은 폐강의 내피를 침입한 경우, 3기는 암이 폐나 심장의 내피나 혹은 심장 옆의 큰 혈관으로 침입한 경우, 4기는 종양이 폐의 내피나 혹은 심장의 내피를 뚫고 깊숙히 퍼졌으면 4기A로, 종양이 혈관이나 림프관을 통해 인체의 다른 부위로 전이가 되었으면 4기B가 된다.

흉선암은 종양의 세포를 검사하여 3가지로 구분하기도 한다. 하나는 종양이 수질형과 혼합형인 경우로 이 경우는 환자의 100%가 10년 이상 생존한다. 하나는 종양이 피질성이거나 혹은 거의 대부분이 피질성인 경우로 이때는 83%의 환자가 10년 이상 생존한다. 마지막 하나로는 흉선암인 경우로 이때는 28~36%가 10년 이상 생존한다.

암기별로 예후를 살펴보면 1기는 95%가 5년 이상 생존, 2기는 86%가 5년 이상 생존하며, 3기는 69%, 4기는 50%가 5년 이상 생존한다.

치료는 수술과 방사선 화학요법이 있다. 흉선을 완전히 제거하는 것이 최선의 방법이다. 1기와 2기는 수술로 완전히 제거가 가능하고 3기 환자도 일부는 수술로 제거할 수 있다. 흉선종은 방사선에 반응을 보인다. 1기로 흉선을 수술로 완전히 제거한 경우는 방사선 치료가 필요 없다. 2기인 경우에는 흉선을 완전히 제거한 경우에도 방사선 치료가 필요하다. 그러나 3기나 4기에는 수술로 흉선을 전부 혹은 일부를 제거한 다음 방사선으로 치료를 받아야 한다. 흉선종이 진행된 경우, 즉 3기와 4기인 경우 추가로 화학요법을 이용해 치료하기도 한다.